A korábbi számlázási folyamat ugyanúgy történik, mint eddig. Egy automatikus utófeldolgozás keretében a meglévő számlázó alkalmazás az elkészített számlaadatokat átadja az e-Számlacentrumnak. Ezek után az e-Számlacentrum elkészíti az elektronikus számlát PDF formátumban és a szükséges NAV XML csatolmányt.
Az e-Számlacentrum az elkészült fájlt digitális aláírással hitelesíti, és időbélyeggel látja el. Az ilyen módon előállított és hitelesített fájl nevezhető elektronikus számlának. A hitelesítés biztosítja a számla eredetének és tartalmának sérthetetlenségét.
Az elkészült elektronikus számlákat az e-Számlacentrum automatikusan továbbítja a számla címzettjének, aki a számla elkészítéséről e-mailben értesítést kap és biztonságos kapcsolaton keresztül töltheti le számláját a rendszerből. Így nyomon lehet követni a számla státuszát is.
A számlakészítés folyamatát, az értesítő e-mail és a számla letöltésének státuszát, valamint a számla bizonyos adatait a e-Számlacentrum rögzíti. Így a későbbiekben a teljes folyamat ellenőrizhető, visszakereshető. A NAV XML biztosítja a későbbi adatszolgáltatást a törvény által meghatározott módon a NAV felé. Az e-Számlacentrum számos beépített kimutatással és a felhasználók által is használható kimutatáskészítővel segíti a munkát.